2° parte
RPG
1° PARTE
O jogo começa com a animação inicial com Naruto e Sasuke. Logo depois da animação entre Jiraya, Sakura e Naruto siga para o escritório Hokage para uma cena com Shikamaru, Temari, Tsunade e companhia. Agora Sakura entrara na sua party. Siga para o campo de treinamento e veja mais uma animação com Kakashi para iniciar uma luta contra ele, ganhe, assista a animação e a sakura sairá de sua party. Saia do campo de treinamento e um homem falará com você, pegue a página de memória (orb) que está do lado do save point, a partir daqui começa a quest do velho das 24 orbs, e depois fale com ele novamente. Agora siga para a entrada de konoha. Fale com o Iruka para mais uma animação. Depois dessa animação irá aparecer outra, dessa vez com Sasori e Deidara. Depois da animação lute contra Deidara e apenas ganhe dele.(você irá liberar Deidara para jogar no modo Vs.) Depois de outra animação você estará no comando de Kankuro e seu objetivo é achar Gaara. Saia da vila e uma contagem se iniciará. Você terá que seguir os rastros do Sasori para achar Gaara. Aparecerá uma animação e uma luta contra Sasori ganhe a luta. Sasori agora esta destravado no modo Versus.
2° PARTE
Depois da cena você voltará a comandar o Naruto. Vá até o escritório Hokage para mais uma animação.Lute contra o Jiraya,apenas ganhe e assista a animação.Saia do escritório para falar com sakura.Agora volte para o escritório Hokage para mais uma animação.Agora com Kakashi e Sakura na sua party você terá que ir para a vila da areia. Saia de Konoha e siga reto até chegar no deserto (no caminho você encontrará ninjas para lutar). Chegando no deserto siga o caminho do lado esquerdo para chegar a vila da areia. Lá você encontrará Baki e ele dará uma missão. Continue seguindo para a vila da areia até chegar no ultimo mapa antes do escritório Kazekage. Vai ter um ponto vermelho no mapa, siga até ele para conversar com Baki novamente. Depois de falar com ele aparecerá outro ponto vermelho no mapa, siga até ele e fale com uma mulher. Agora siga para a entrada do deserto para encontrar um ponto vermelho no mapa novamente, vá até ele e você verá um vendedor sendo assaltado por ladrões, bata nos ladrões e uma animação irá aparecer, você estará na vila da areia. Siga novamente até o ponto vermelho no mapa para falar com Sakura e mais uma animação aparecerá. Agora saia da vila da areia para mais uma animação (encontro com Chyo-Baa). Volte á entrada do deserto e desta vez siga pelo caminho da direita, aparecerá uma animação e se uma luta contra Kisame, derrote-o com Gai. Kisame agora é selecionável no modo Vs. Voltando com o grupo do Naruto, continue pelo caminho até chegar ao grande deserto (onde tem 2 caminhos para ir), agora siga pelo caminho da direita para falar com Chyo-Baa. Agora siga até o ponto vermelho no mapa para encontrar um ninja da vila da areia deitado no chão, uma contagem se iniciará, siga até o outro ponto vermelho do mapa para encontrar outro ninja da vila da areia deitado no chão. Agora você poderá prosseguir pelo caminho que você não podia.Adiante no caminho você encontrará Itachi. Vença-o com Naruto e depois da animação vença-o com Kakashi. Itachi agora é selecionável no modo Vs.
3° PARTE
Após a animação, continue o caminho para chegar ao esconderijo da Akatsuki para outra animação, siga reto para mais uma animação, você agora estará comandando Neji, use o byakugan (triangulo) para localizar um selo que fica no canto superior esquerdo da tela, avistando-o, aperte L1 e acerte uma shuriken nele. (obs.: os selos são um ponto rosa no mapa). Um clone do Gai irá aparecer, derrote-o com Gai. Ainda no comando de Neji, use o byakugan para localizar outro selo, que fica no canto superior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken nele. Um clone da Tenten irá aparecer, derrote-a com Tenten. Novamente com Neji, use o byakugan para localizar um selo que fica no canto inferior esquerdo da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken nele. Um clone do Lee irá aparecer, derrote-o com Lee. Mais uma vez com Neji, use o byakugan e localize o selo que está no canto inferior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken no selo, um clone do Neji irá aparecer, derrote-o com Neji. Após a animação siga para o esconderijo da Akatsuki. Uma nova animação irá acontecer junto com uma batalha entre Naruto e Deidara, apenas vença. Novamente uma animação, seguida de uma batalha entre Sakura e Sasori, apenas vença. Voltando a Naruto e Kakashi, siga pelo caminho em que ambos estão parados em frente. Uma contagem irá se iniciar vá até o final do caminho sempre seguindo reto com cuidado para não tropeçar nos pássaros explosivos de Deidara. Uma animação irá se iniciar. Ao final da animação haverá uma batalha entre Chyo-baa e Sasori sem a forma Hiruko, vença. Mais uma luta entre Sasori e Sakura, vença-o. Sasori agora é selecionável no modo Vs. De volta a Deidara & Cia., haverá uma batalha entre Kakashi e Deidara. Resgatando Gaara, Naruto irá ficar com o chakra da Kyuubi, vença Deidara novamente e veja a animação.
Story Mode 2:
[Reencontro com Sasuke]
4° PARTE:
Já em Konoha siga um mapa a frente depois siga o caminho da esquerda para encontrar Shino, Kiba e Hinata. Continuando, vá para o escritório Hokage para se preparar para mais uma missão, após falar com Tsunade saia do escritório Hokage e prossiga para a saída de Konoha, fale com o ponto vermelho que é Kurenai e siga o grupo para a entrada do deserto, chegando lá, vá até o ponto vermelho e encontre novamente Kurenai & Cia. Você voltará para Konoha. Siga em direção ao escritório Hokage para se encontrar com Shikamaru, Chouji e ter uma pequena batalha com Sai. Após a luta, siga para o escritório Hokage, lá você encontrará Sai e Yamato, que estarão liberados após a cena. Siga para a saída de Konoha para uma animação, finalmente se dará início a nova missão. Vá para a entrada do deserto para falar com Yamato, agora siga pelo caminho da direita e prossiga pelo único caminho. Chegando ao Grande Deserto siga pela direita e você se encontrará com dois ninjas da vila da areia que não te deixarão passar. Para passar, você precisa de uma autorização. Volte até a vila da areia em direção ao escritório Kazekage que você encontrará Baki para te dar a tal autorização, fale com ele e siga para a saída da vila. No caminho você encontrará um “travesti”. Ele irá te pedir para você derrotar uns inimigos. Vá ao mapa em que os ninjas da vila da areia estão bloqueando o seu caminho (Grande Deserto), só que ao invés de ir pela direita, entre no mapa a esquerda (caverna de areia). Derrote os inimigos e volte para a vila da areia. Lá fale com o “travesti” e derrote seus “capangas”. Temari e Kankuro irão aparecer junto com os ninjas da areia e finalmente, o caminho para prosseguir na missão estará liberado.
5° Parte
Siga para o Grande Deserto e continue pelo caminho da direita e siga pelo único caminho a sua frente até uma animação acontecer. Lute com Yamato, como um treino e após a animação, continue pelo caminho a sua frente. Entre no esconderijo da Akatsuki e vá para perto do selo que está na parede. Um clone de Naruto e um clone de Sakura irão aparecer e você deverá lutar contra eles. Fora do esconderijo, siga para o local à direita do mapa, onde teve a contagem regressiva com as aranhas de Deidara. Entre no caminho da direita e aparecerá outra animação. Continue pelo caminho e chegue à ponte onde irá acontecer a batalha entre Kabuto e Yamato. Após a batalha, veja outra animação e Naruto irá se transformar em Kyuubi quatro caldas vença Orochimaru e veja mais uma animação. Passe da ponte e fale com Yamato (o ponto vermelho do mapa), você irá lutar contra Orochimaru e Kabuto. Após vencê-los, vá até o final do mapa e entre na caverna de Orochimaru. Prossiga na caverna sem entrar em nenhuma porta, até o meio dela. Lute contra Sai, seguindo, prossiga a caverna até o final do corredor, vá até a penúltima porta (a da esquerda) e derrote os ninjas lá de dentro, volte até a primeira porta do mesmo mapa e pegue o baú. Agora entre na ultima porta e lute contra Sasuke, veja a animação, lute com ele de novo e FINAL de JOGO. OBS: para liberar Sasuke, tem que salvar depois de terminar o jogo, no save point de konoha (qualquer um).