Pain pretende "salvar o mundo". Ele espera que o sofrimento gerado pela guerra e pela destruição fará com que as pessoas aprendam a ser melhores e blá, blá, blá. (Isso sim é original. Doentiamente patético, mas original).
Não acho que os objetivos sejam compatíveis.
Será que Pain sobre toda a verdade sobre os planos de Madara?
Se sabe, provavelmente Pain pretende se livrar de Madara após a onda de terror que se espalhará pelo mundo. Assim ele poderá seguir como o deus do "mundo de pessoas sofridas e boazinhas felizes para sempre".
Se ele não sabe(porra que burro o_o) provavelmente Madara deu alguma versão diferente para os motivos dele querer recuperar seu poder.
Se é Pain que mentiu para Jiraya, ou se é Madara que está mentindo para Pain, ou se é Pain que está preparando o bote, eu não faço idéia (mesmo sendo tããaaooooo original, Kishi ainda pode surpreender).
Se realmente os planos de Madara e Pain não são compatíveis, acho que um futuro embate (supondo que os planos deles não sejam frustados por Sasuke ou por Konoha (Naruto e sua tchurma :-D)) é inevitável.
Nesse caso, quem venceria? Será que com seu poder restaurado, Madara eliminaria o único portador conhecido do Rinnengan?
Ou será que o portador do Doujutsu considerado mais poderoso surpreenderá Madara com seus poderes de Deus da Chuva??? (lembremos que ele é o atual Deus/Hokage/Herói/ShinobiPerfeito/gênioinsanodumalquemandanopedaço na vila da chuva)
Bom acho que levantei algumas questões interessantes para discutirmos.